Lasten ja nuorten taidekeskusta ylläpitää opetus- ja kulttuuriministeriön ja Hyvinkään kaupungin vuonna 1980 perustama ja rahoittama säätiö. Säätiöllä on hallitus, jossa on kolme opetus- ja kulttuuriministeriön nimeämää edustajaa ja kolme Hyvinkään kaupungin nimeämää jäsentä sekä yksi säätiön neuvottelukunnan edustaja. Hallituksen ulkopuolisena sihteerinä toimii Lasten ja nuorten taidekeskuksen toiminnanjohtaja.
Lasten ja nuorten taidekeskuksen säätiö on jäsen vuonna 2015 perustetussa Suomen Lastenkulttuurikeskusten liitossa.
Säätiön neuvottelukunta koostuu opetus- ja kulttuuriministeriön ja Hyvinkään kaupungin sekä säätiön jäsenyhteisöjen edustajista.
Säätiön jäsenyhteisöt ovat:
Aalto-yliopisto / Taiteiden ja suunnittelun korkeakoulu / Taiteen laitos
Hyvinkään Taiteilijaseura ry.
Jyväskylän yliopisto / Taiteiden ja kulttuurin tutkimuksen laitos / taidekasvatus
Kuvataideopettajat ry.
Lastensuojelun Keskusliitto ry.
Mediakasvatuskeskus Metka
Nuoren Voiman Liitto ry
Suomen lasten ja nuorten kuvataidekoulujen liitto ry
Suomen Taiteilijaseura ry
Lapin yliopisto / Taiteiden tiedekunta / kuvataidekasvatus
Avartti-säätiö
Nuorisotutkimusseura ry
Kansallisgalleria
Suomen Nuorisoseurat ry / Nuori Kulttuuri